机构改革已经完成到市县级，而市县畜牧兽医属于事业单位改革范畴，作为农业农村局下属的事业单位，县级畜牧兽医局的命运很明确，就两个字。在新一轮党政机构改革中，以及事业单位分类改革中的“承担行政职能的事业单位改革方案”中，明确规定撤销原畜牧兽医局，将其承担的动物诊疗机构许可、职业兽医注册备案、兽药经营许可等行政职能划入新组建的农业农村局。
1、市县的畜牧局会怎么改革？
市县畜牧兽医局是2005年国家要求进行兽医体制改革后设立的，国家和省级分别设立的兽医局，农业部下属的兽医局的单位的性质是行政编制，而省级的单位性质有些是行政编制，有些是参公编制。而市县级改革则是一种“换汤不换药”式的改革，将以前的畜牧技术服务中心、畜牧兽医站改成了畜牧兽医局，仅仅是变了一下名字，其管理模式和管理权限都没有改变，
由于市县畜牧兽医局的存在不符合现代化的农业管理模式，所以这次机构改革中其行政权力全部被剥离到农业农村局，仅留下了畜牧兽医方面的技术服务功能，变成了一个单纯的事业单位。市县级畜牧兽医局如何改革，可能各地区的情况都不相同，以我们甘肃为例来说，有些市依旧保留了畜牧兽医局，比如说天水定西，他们将畜牧兽医局升格为市政府直属行政局，与农业农村局并列，
而他们下属区县的畜牧兽医局，一般都改成了畜牧兽医技术服务中心或类似机构，变成了纯事业单位。而另外一些市，他们是将畜牧兽医局改成了畜牧兽医服务中心，变成了纯粹的事业单位，而下属的区县变成了纯粹的畜牧兽医站，像陇南市的畜牧兽医局则是变成了畜牧兽医站，这样下属的区县也就只能变成了畜牧兽医站。只是有个特例就是好多畜牧兽医局以前是参公管理的，尤其是市级畜牧兽医局大多数都是参公单位，个别县级畜牧兽医局也是属于参公单位，按照改革前后不改变个人待遇的规定，他们依旧按照参公单位管理，只是将来参公单位如果取消的话，这部分的人的身份只能慢慢消化，
在各种行政职能上来说名义上行政职能都上交农业农村局，可是仅畜牧兽医方面的行政职能就很多，像种畜禽管理、重大动物疫病防治、动物检疫等等有十六七项之多，而农业农村局一般行政编制也就十几人或者二十多人，完全不能承担，而且大多数都是技术职能，需要专业技术，因此一般来说还得农业农村局委托畜牧兽医站的基层技术人员来操作，因此上也是属于“换汤不换药”，将来怎么样，还得理顺其关系。
2、事业单位改革，县级畜牧兽医局会怎么改？
由于党政机构个数限制，县区一级的畜牧兽医局，一般设置为事业单位，在新一轮党政机构改革中，以及事业单位分类改革中的“承担行政职能的事业单位改革方案”中，明确规定撤销原畜牧兽医局，将其承担的动物诊疗机构许可、职业兽医注册备案、兽药经营许可等行政职能划入新组建的农业农村局。也有为了工作考虑，保留畜牧兽医局牌子，和新组建成立的农业农村局合署办公，
因为挂牌机构不能实体化，因此即使是挂牌或者合署办公，县区一级的畜牧兽医局机构，都算是撤销了。同时，按照“行政执法机构改革方案”规定，隶属于县区畜牧兽医局管理的动物卫生监督管理所，也就是动物卫生方面的检疫执法机构，也随同改革，职能和人员、编制整体归并到新成立的农业农村执法大队，统一执行农业农村领域内的行政执法职能，为参公管理的事业单位，
县区执法农业农村执法大队实行“局队合一”的模式设置，大队长由农业农村局局长兼任，设置一至两名专职副队长，为副科级级别。原动物卫生执法人员中，具备执法资质的参公人员可整合到农业农村执法大队工作，工人和其他人员分流到事业单位，畜牧兽医局撤销后，其承担的公益服务职能保留，成立畜牧服务中心，依然为正科级事业单位，隶属农业农村局管理，继续承担畜牧兽医技术推广服务等公益服务职能。
原参公人员部分可按照“编随事走、人随编走”的原则，整合到农业农村局机关任职，过渡为公务员，置换为行政编制，由于县区行政编制太少，各党政机关都有着严重的超编问题，因此转到机关的人员非常少，基本上都是领导干部。大部分参公人员和未登记参公的干部，以及工勤人员，都将保留在畜牧服务中心，随同事业单位分类改革政策，统一安置。
