由川湖总督或川陕总督节制四川，操作难度都比较大，经过反复尝试之后，清王朝最终只得放弃，选择了在四川单独设置四川总督。在康熙时期，就已经有让四川总督兼任四川巡抚的例子，经过反复尝试，清王朝最后不得不重新回到原点，在四川单独设置四川总督，更何况，在成都的满城之内还驻扎着一位四川总督管不到的成都将军，专门负责监视四川总督。
1、为什么清朝四川单设一个总督？
清朝时期四川之所以要单独设置一个总督究其原因，有两点：其一面积太大传统观念我们都人为清朝时期的版图是一张“秋海棠”，但是其实清朝时期，东亚大陆西部和北部有很多小国家，大多属于附庸国，而其中准噶尔汗国其实又是一个独立主权国家，它根本不受满清王朝任何支配。而清朝是经过一百多年的征战，才有了大家观念中“秋海棠”的版图，
当世界已定，硝烟散尽之时，这块窝在山地里的盆地尚未被纳入统一的版图，是要统治者尽最后的努力来收复它，由于通往巴蜀的道路很险要，所以一般都是到最后大局已定的时候来平定这块地方。所以这也造成了四川版图在开国初期就已经奠定了，彼时的四川版图：北接青海、甘肃，西接西藏，南接云南，东接重庆，陕西湖北，满清彻底坐稳中原文明后，四川才逐渐单独化为行省，最主要的原因是是它的面积大，以中原极大腹地的行省为例，四川67万平方公里、山东16万平方公里、甘肃50万平方公里、云南45万平方公里、福建18万平方公里，除去边疆地区的青海、黑龙江等地，四川省的面积已经是位列中原地区前三名。
其二特殊的地理环境是割据混乱的发源地清世祖顺治元年（1644）是华夏大地上一个多事之秋，明末农民起义领袖李自成建国大顺，大军会师北京城，当时的四川还在张献忠手里。经过开国艰难，顺治后期才正式把四川纳入大清版图，彼时四川一句话来形容就是多战乱，千里凋敝，十室九空。因为经历张献忠屠杀，现在都还有八大王屠四川的传说，
明末清初人欧阳直公的《蜀警录》“世界未乱蜀先乱，世界已治蜀后治”，其中就是对明末流寇张献忠这个杀人魔王的总结。四川偏处西南一隅，其战略位置却得天独厚，历来为兵家必争之地，巴蜀之地易守难攻，粮草充沛，因此每当统一王朝瓦解之时，这里的军阀和世家就闻风而动，纷纷竖立旗帜，公布独立自治，构成了一个无政府的状态。
2、清朝九大总督，为何四川总督跟直隶总督只管辖一省？
四川总督、直隶总督只管辖一省是由两省的重要性决定的，督抚是总督和巡抚的合称，明朝中央政府为了巡查地方事谊，“因事而设，事毕即撤”，清朝时总督和巡抚才正式成为地方最高级行政长官。总督大体相当于现代战区司令加几省省长，是所辖地区的最高大员，主管军政财和监察地方官员，清朝九大总督，直隶和四川总督只辖一省，为了避免机构重叠，二省干脆不另设巡抚，其余均统辖二三省。
巡抚大体相当于现代“省委书记兼省长”，顶多身肩“卫戍区司令”，巡抚只辖一省，是一省最高大员，负责管理属地的政务为主，军务为辅，乾隆皇帝以后，凡总督衙门驻地省份，均由总督兼本省巡抚（江苏省例外，总督和巡抚并驻），另外，山东、山西、河南三省设巡抚，却不隶属于任何总督。总督一般为正一品、从一品、正二品，巡抚一般为正二品、从二品，从品级上看，总督要高于巡抚，但两者并无隶属关系，都直接对皇帝负责，
总督经巡抚同意后可调用巡抚的兵，但巡抚不能调用总督的兵。二者都有向皇帝上奏折密报的权力，二者相互制衡，保证中央对地方的掌控，为何四川总督、直隶总督一样只管辖一个省？一、直隶总督：直隶总督的前身是1648年的直隶、山东、河南三省总督，1723年才定制为只辖一省。京城是皇亲、贵胄，高官、巨贾居住之所，城破即亡国，重要性不言而喻，不敢有私毫之差，
直隶就是由中央直接管辖，直隶属于京畿腹地，是京城的第一道防线，必须由一个总督总揽军务，统一部署，统一调度，否则各自为政，将延误军机大事。河南、山东、山西三省位于北京周围，如有兵权，反而可能会事得其么，威胁到京城的安全，如有需要，可于直隶总督统一指挥，反过来讲直隶总督所如所辖省份过多，因位高权重，奴大欺主。
