差额事业单位，是相对全额事业单位和自收自支事业单位而言的。事业单位改革最终只分两类，以后无所谓什么全额事业单位、差额事业单位也无所谓什么公益一类、生产经营类，面向社会提供公益服务的事业单位，理顺同主管部门的关系，逐步推进管办分离，以后对这类型事业单位重新规范为社会服务类事业单位。
1、自收自支事业单位会如何改制？
财政供养为自收自支性质的，一般都是生产经营类事业单位，改革的方向已经非常明确：在2020年底前全部完成改企。这是毋庸置疑的，改企后，原在职在编人员大致按四种方式分流安置：第一，调离。单位领导如属组织部门管理干部，在改制前组织部门一般会找单位领导谈话，听取其个人意见，如个人提出调离，一般会酌情考虑，第二，分流。
少部分在编人员将按照“编随事走、人随编走”原则，随单位职能划转分流到其它事业单位安置，第三，转企。绝大部分在职在编人员将随单位改企，剥离体制身份变为企业人员，实行市场化管理，第四，提前退休或买断工龄。为了推进事业单位改革，部分地区也默许事业单位根据自身情况差异化改革，比如允许工龄满三十年或者工龄满二十年、距离退休不足五年的，提前退休；在单位经济允许范围内，出于减负更好地市场化管理的目的，在职工自愿的基础上，允许部分50岁以上的老职员买断工龄，提前交社保接管，
事业单位改革的历史车轮已经不可逆转，其中最受冲击的无疑是自收自支类的事业单位。很多人因此担心这类事业单位改革后，员工利益得不到保障，甚至面临下岗风险，在这一点上，大可不必担心。首先，之前任何一次机构改革包括本轮事业单位改革，国家都有一个总的改革基调“稳步推进”，员工一般都会得到妥善安置，不会让改革带来新的社会矛盾，
这是大前提。其次，自收自支类事业单位即便转企，也是变为国企，而不是私企，转企后，单位性质虽然变为了企业，但其仍掌握一定政府资源和国有资产，在自身领域或行业有一定的“话语权”，多数不会因为转企变得举步维艰。相反，很多自收自支类事业单位本身效益就好，脱离体制后没有了太多的政策限制，在员工绩效上不仅不会减少，反而还会增加，改革或会职工带来更多实惠，
2、差额事业单位怎么改革，什么时候改革？
差额事业单位，是相对全额事业单位和自收自支事业单位而言的。和自收自支编制不同，差额编制和全额编制一样，都是正规的事业编制类型，主要用于公立医院等承担公共卫生医疗服务的事业单位，医疗单位有经营收入，同时又承担着大量的公益服务职能。公立医院有经营收入效益非常好的，尤其是在大中城市医疗资源丰富的地方，但由于公益职能的需要，大部分公立医院，尤其是县乡基层医院，靠自己的经营，没有办法维护运转。
如果按照市场规律，又无法保证医疗全覆盖，以及人民群众就近就医，以及享受医疗方面的保障和优待，比如大病救助、城乡医保、乡村医生、建档立卡户的医疗补助等，因而国家要求医疗单位覆盖范围要扩大，同时还要保证农民、居民就医方便快捷，这就要求财政给予保障。这些保障体现在硬件基础的建设上，各地的公立医疗机构和乡镇卫生院等，建设得非常漂亮，而且都在人口集中、交通便利的地方，
同时，即使是乡镇卫生医疗机构，其机器设备都非常齐全，而且更新换代非常及时。光有硬件保障还不行，医护人员的配备和保障同样更不能放松，各地通过各种途径，增强医护人员力量，有免费医科生、定向生的提前培养，有事业人员招考、招聘制的保障，还有经费、人员工资的全力保障。医疗机构实行差额供给，差额的比例，按照各医疗机构的实际收入和支出的缺口，由地方财政部门根据具体医疗机构，实行不同的差额比例，
收支状况良好的，差额比例就小，财政供给就少；收支善不好的，差额比例就高，财政补贴就多。比如一些乡镇卫生院由于技术力量薄弱，承担的公益职能范围对象又多，收支情况几乎为零，这样的医疗单位其差额的比例可能高达90%以上，也就是医院经费、工资支出的90%靠财政供给，还有的差额比例甚至为100%，由财政全额供给。
