一、小作坊食品加工许可证办理主要有以下几方面困难。再去消防部门办理消防许可证，防疫站办理卫生讦可证，税务部门办理税务登记证，如果是食品，看能不能办餐饮许可证，不行的话只能办生产许可证，但小作坊估计不具备条件，因此绝大多数小作坊都是无证生产，取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.二、办理食品生产许可证需要准备的材料。
1、如何办理小作坊证？
如果是食品，看能不能办餐饮许可证，不行的话只能办生产许可证，但小作坊估计不具备条件，因此绝大多数小作坊都是无证生产。食品生产加工小作坊是指有固定生产加工场所，生产条件、设备工艺简单，生产加工无预包装或者有简易包装食品的食品生产加工者，县级以上人民政府有关部门，对小作坊和摊贩履行下列监督管理职责：（一）工商行政管理部门，负责食品摊贩和有形市场内小作坊、有形市场外以现场制售为主要经营形式的小作坊食品安全的监督管理工作；（二）质量技术监督部门，负责有形市场外不以现场制售为主要经营形式的小作坊食品安全的监督管理工作（三）食品药品监督管理部门，负责餐饮摊贩食品安全的监督管理工作；（四）食品安全综合协调机构，负责小作坊和摊贩食品安全的综合协调；监督、指导、协调重大食品安全事故处置及责任调查处理工作；会同卫生行政部门组织食品安全事故应急处理工作；县级以上人民政府其它有关部门在规定的职责范围内做好小作坊和摊贩食品安全的有关工作。
2、小作坊食品生产许可证怎么办理，找哪个部？需要备哪些材料？
一、小作坊食品加工许可证办理主要有以下几方面困难：1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求人流物流要分开防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求，2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.二、办理食品生产许可证需要准备的材料：1、有效期内名称预先核准通知书（或营业执照）复印件；2、组织机构代码证复印件；3、法定代表人、负责人或投资人的资格证明或身份证复印；4、经备案的企业标准（无国家标准企业采用的企业标准）；5、生产加工场所有关情况、平面图（标尺寸、面积等主要参数）及其有权使用证明材料（房产证、土地使用证或租赁合同）；6、周围环境平面图；7、各功能间布局图复印件（标尺寸、面积等主要参数）；8、设备布局图；9、工艺流程图（附关键参数说明）；10、当地环保部门核发的符合要求的证明文件复印件(环境影响批复及验收报告或环保主管部门出具的证明文件)；11、产品出厂检验报告、原始记录、产品比对实验报告、委托检验协议及报告；12、产品使用说明书或产品标签；13、各项质量安全产管理制度文本及清单；14、生产设备、检验设备清单及有权使用证明(购买凭据、合同或企业自我承诺书)；15、现行有效的国家、地方、行业标准清单及文本；16、生产过程中所需的各种规程、作业指导书等工艺文件；17、原辅材料、包装材料、食品添加剂等产品供应商的生产许可证、营业执照、合格检验证明或报告；18、申请书格式文本；19、各项企业质量安全记录（与质量安全管理制度相对应）；20、其它相关证明文件（如：员工健康证、检验员证等），
3、家庭小作坊都需要哪些证件？如何办理？
营业执照，必须的。身份证，房屋产权证，如果是租别人的房产，除了产权证，还要租凭协议，方可去作坊辖区工商所办理营业执照，再去消防部门办理消防许可证，防疫站办理卫生讦可证，税务部门办理税务登记证，方可营业。如果你处实行了三证合一，那么你就不要这么麻烦了，合在一起的就不用再办，具体可根据当地规定为准，我的意见供你参考。
