在转进湖北境内后，1645年5月17日，李自成在通山县九宫山地区察看地形时，遭到当地地主武装的袭击，不幸遇难。李自成1645年5月17日牺牲于湖北通山县九宫山；张献忠于1647年l月2日在四川西充县凤凰山中箭而死，李自成遂决定改向西南寻找出路，按照传统观点，李自成在1645年5月途径湖北通山九宫山时，遭到当地团勇武装袭击，李自成即在这时牺牲。
1、历史上的李自成是怎么死的？
李自成，原名李鸿基，驿卒出身，崇祯二年（1629年）参加张存孟起义军。后来，他辗转投入高迎祥麾下，随着义军不断壮大，作战勇猛的李自成被称为闯将，崇祯九年，他被推为闯王，1644年，李自成率大顺农民军攻入北京城，一举推翻了明朝的统治。不久，山海关一片石（地名）之战，大顺军遭吴三桂关宁铁骑和清军的联手夹击，惨败而回，李自成匆匆在明宫武英殿内举行即位典礼，随即放火焚烧宫殿并仓惶撤出只待了短短42天的北京城，
之后，面对清军与吴三桂部的追剿，李自成数战数败，被迫转战南北，并于1645年行军至湖北通山县九宫山时，他率20骑入山侦察地形（亦有打粮之说），突遭乡民袭击，李自成从此失联，不知所终。一直到今天，关于李自成的迷踪和死因仍无确切说法，综合各类记载和传闻，大致有两种比较有代表性的观点：“死于九宫山说”和“禅隐夹山寺说”。
据《明史》和《小腆纪年》以及《南疆逸史》等文献记载，李自成率大顺残军抵达湖北九宫山时，见闯王大势已去，队伍逐渐散去，自成本人领20骑进山，被乡民程九百、金一柏等人用铁锄击毙，同治年间的《通山县志》对此也有记载。但“九宫山罹难说”也有两点可疑之处，首先是清英亲王阿济格在奏报中说闯王遗骸“尸朽莫辨”，其次是南明兵部尚书何腾蛟在给唐王的奏报中说“职在九宫山已将李自成斩首，但亲兵将首级不慎丢失”，
从他两人呈上的奏报可以看出，事发时他俩均未在场，也没亲自验看过闯王遗骸真伪，所以语气写的含混莫名，或许是从部下嘴里听来的消息。民国学者申悦庐最先质疑闯王“九宫山死难说”，他认为李自成兵败后并未死于九宫山，替死的是他的部将孙某某，他本人于康熙十三年（1674年）老死于湖南石门县夹山灵泉寺，如此离奇诡异的说法，真的能信吗？申悦庐这个推断主要依据是清顺治时期醴州知州何璘所作《书李自成后传》之阐述，何璘在经过实地考察，仔细询问当地老人以及寺僧后，认为李自成并未死在九宫山，而是制造假象，迷惑并摆脱清军以及南明政府军的追击。
在从湖北公安逃到湖南澧州的过程中，绝大多数大顺军将士见闯王再难成事，于是纷纷另谋出路，到安福县（今石门）境内时，李自成甩开十余名亲随，单独一人来到夹山灵泉寺剃度出家，他就是夹山寺的祖师“奉天玉大和尚”。李自成曾自称“奉天倡义大元帅”，“奉天玉”暗含“奉天王”之意，“奉天”，一个老僧，要那么大的法号作甚？夹山寺内还收藏有奉天玉大和尚的画像，但其人双目炯炯，和《明史》记载的李自成“眇一目”即瞎了一只眼的形象有所不符。
清末民初国学大师章太炎（炳麟）赞同“九宫山遇难说”，为证明自己的论断，他亲自来到石门夹山寺进行实地考察，他在寺里住了半月，考察到李自成归隐期间曾作《梅花百韵》来赞赏寒梅的品格，他搜集到其中5首，经考证后断为“托名伪作”，并以此作为驳斥“闯王出家夹山寺”之说最具权威性的有力证据。李自成究竟是死于九宫山还是禅隐夹山寺，一直以来众说纷纭，至今未有定论，
2、闯王李自成的残部夔东十三家，坚持抗清21年，最后是怎么灭亡的？
前言：在南明永历皇帝被俘杀、一代军神李定国病死之后，轰轰烈烈的大西南抗清斗争结束了；清廷终于可以腾出手来，围剿活跃在川东、鄂西地区的以大顺军余部为首的反清武装——“夔东十三家”。1645年5月，在清军的穷追不舍之下，李自成率领大顺军一路败退，最后撤到湖北境内，在通山县九宫山地区，李自成带着少数卫兵，跑到前方去察看地形。
