在第一次华山论剑前，九阴真经就藏在华山的一个山洞里。这个问题在电视剧《九阴真经》中可以找到答案的，至于九阴真经为什么会在华山的那个山洞里，这就要从九阴真经的作者黄裳说起了，王重阳将九阴真经刻在古墓中，这是唯一传世的完整版本，由此，九阴真经还是可以流传下去。
1、王重阳在第一次华山论剑中胜出得到《九阴真经》，在这之前，《九阴真经》在哪里？
这个问题在电视剧《九阴真经》中可以找到答案的。当时东邪西毒南帝北丐那些人根据“藏宝图”的指示知道了九阴真经藏在华山上，又有南帝段王爷带着金国萨满教的法器到华山藏经处开启了山洞的大门，众人一哄而上，结果还是王重阳拿到了那两本九阴真经，当时在场的众人都想得到九阴真经，王重阳因此提议择日在华山论剑，以武夺取真经，于是就有了第一次的华山论剑。
所以，在第一次华山论剑前，九阴真经就藏在华山的一个山洞里，至于九阴真经为什么会在华山的那个山洞里，这就要从九阴真经的作者黄裳说起了。当年黄裳领宋徽宗的旨前往剿灭明教，结果黄裳的家人被明教中人杀害了，黄裳为了报仇深居在华山练武，等到黄裳下山找明教报仇的时候才发现“山中一日世上千年”，已经过了四十年了，当年的明教中人大多数都已经不在人世了，
2、倚天剑的《九阴真经》是黄蓉写的简略版，那么人皮九阴真经去哪了？
我是萨沙，我来回答。九阴真经本来分为上下两本，是黄裳一生的武功集合，黄裳可以说是前无古人后无来者的超级天才，比黄药师还要厉害得多。黄裳本来是个文官，不懂武功，宋徽宗让他负责《万寿道藏》的收集和刊印工作，黄裳唯恐里面内容出现错误被皇帝杀头，将数千部道家秘典一一精读。由于黄裳过于天才，竟然无师自通，领悟了极高明的道教武功，
不过，他只是文官，不懂得武林规矩。在剿灭摩尼教期间，黄裳监督的官兵被打的打败，他不服气，向摩尼教的高手挑战。双方激斗，摩尼教高手被打死多人，由于黄裳单挑时候不留余地，这些高手的朋友、师兄弟、亲戚都认为他不受江湖规矩，集合了武林最顶尖的几十个高手来报复。黄裳虽然又打死数人，但好汉敌不过人多，最终被打成重伤逃走，
敌人恼怒之下，将黄裳全家杀死。黄裳躲入深山，决定要为家人报仇，破解这几十个高手的武林，黄裳没有会武功的朋友，只能期待练成绝世神功，就算将来几十个高手一拥而上，他也可以打赢。然而，这些高手都是一流高手，武功不亚于全真七子、欧阳克、沙通天一伙，就算五绝尚且只能一次性对付不到10名一流高手，何谈几十人之多。
但黄裳是绝顶聪明人，不但一一破解了几十个高手的武功，还领悟了更高深的内外功，有自信可以一次打死他们几十人，搞笑的是，黄裳武功大成以后出山报仇，巨额发现仇人全部死光，只剩下一个当年18岁的少女。原来，领悟最顶尖的武功谈何容易，黄裳在山洞里面花费了长达40多年时间，眼见这个少女已经60多岁，白头白发，奄奄一息，就算不碰她也活不了几天，黄裳如梦初醒，领悟了人生的意义，放弃了报复心理。
此时黄裳也风烛残年，年近九十，随时可能老死，为了不让毕生神功失传，他编写了《九阴真经》上下册。其中《九阴真经》上册主要是绝顶内功，下册则是一些神奇的外门神功，王重阳在华山论剑夺得此书，虽然自己有所参考，但不允许全真教门下练习。王重阳死后，该书由周伯通保管，周伯通为遵循王重阳遗愿，决定藏匿《九阴真经》，他将上册经书藏好后（其实随身贴肉携带），欲将下册经书藏匿时，路遇东邪黄药师冯蘅夫妇。
周伯通与东邪黄药师打赌而败，将《九阴真经》（下册）借给黄夫人冯蘅看了2遍，不曾想黄夫人有过目不忘的记忆力，竟将《九阴真经》（下册）全部记下。黄药师夫妇欺骗周伯通，让周伯通自毁《九阴真经》（下册）原本，黄夫人回岛后立即依靠记忆力默写出下册经书，不过，随后陈玄风、梅超风背叛师门，盗走了《九阴真经》下册逃走，所以黄药师并没有学过这些武功。
